Lamento dizer isso, mas é provável que seus arquivos tenham sumido.
Qualquer operação de particionamento / formatação / instalação é potencialmente perigosa e é importante ter um backup de seus dados importantes antes de fazer qualquer coisa. Especialmente se você não tem experiência com particionamento ou entendimento claro do que está acontecendo. Especialmente quando as ferramentas de particionamento veem a unidade como "um grande bloco aberto de espaço".
O problema provavelmente foi causado pelo Windows convertendo o disco para o chamado "disco dinâmico" - veja isto para alguns detalhes: link
Se os arquivos foram importantes, você pode tentar recuperá-los - os dados (pelo menos alguns deles) provavelmente ainda estão no disco. A primeira coisa a fazer, neste caso, seria parar todo o uso do disco imediatamente.
Não estou muito familiarizado com as ferramentas de recuperação, mas basicamente o procedimento envolve a criação de um instantâneo do disco (que é um pouco problemático com uma unidade de 2Tb, pois você precisará de uma unidade maior para armazenar a captura instantânea) e usando algum programa que tentaria encontrar a partição. Esta resposta explica como usar o programa TestDisk e fornece links úteis.
Com relação ao particionamento - agora, quando seu disco não é mais um "volume dinâmico", você pode usar o GParted para adicionar algumas partições no espaço livre. Instalando o Windows depois que você instalou o Ubuntu irá sobrescrever o bootloader para que você não possa inicializar no Ubuntu, mas é razoavelmente fácil de consertar com o Ubuntu LiveCD