Você provavelmente só precisa alterar a ordem de inicialização no menu da sua BIOS. Se você instalou o gerenciador de inicialização do Ubuntu no segundo HDD e seu computador inicializa a partir da primeira partição, primeiro ele virá através do Windows antes de se deparar com o bootloader, o que significa que não lhe dará a oportunidade de escolher. Você deve configurá-lo para inicializar a partir do seu segundo disco rígido primeiro, o que deve levá-lo ao bootloader, que lhe dará a escolha do sistema operacional. (Da próxima vez definir o boot para sua partição primária (:)