Se a sua placa de vídeo suporta 3D Acceleration, você pode considerar o uso do plug-in de posicionamento da janela do Compiz.
Instale o compizconfig-settings-manager:
Pressione Alt + F2 e digite compiz --replace
Se você quiser mudar a maneira como as janelas são colocadas na sua área de trabalho, inicie o gerenciador de configurações compizconfig:
Pressione Alt + F2 e digite ccsm
Encontre o plugin "Place Windows", ele terá uma opção chamada "Placement Mode", você pode escolher o que você mais gosta lá.