Eu comecei a experimentar isso muito recentemente (ontem) também. Entrar no gerenciador de configurações do compiz e desmarcar as "decorações das janelas", então, checá-las novamente, parece "consertá-las", embora continue a acontecer, fazendo com que eu tenha que abrir compiz com bastante frequência. Espero que uma correção seja encontrada em breve.
Edite !: Corrigido este problema para mim mesmo, inserindo Configurações do Compiz (CCSM), indo para o menu Decorações da Janela e alterando a configuração de Comando de:
gtk-window-decorator --replace
para:
/usr/bin/compiz-decorator
Fazendo o backup desse menu, desmarcando a decoração da janela, permitindo que a área de trabalho recarregue e, em seguida, verificando a decoração da janela e saindo do CCSM.
Depois de fazer isso, testei vários aplicativos, em várias combinações de maximização, minimização, redimensionamento, abertura, fechamento, etc., e não posso mais reproduzir o problema. A barra de título e tudo ficam exatamente como deveriam. Não me lembro de ter mudado esse cenário pessoalmente, embora seja possível que eu tenha feito isso em algum momento, ou tenha dado permissão de compiz para mexer em outro cenário, mas para mim isso aparentemente resolveu o problema. Espero que isso ajude você também.