Você pode estar sentindo falta de uma partição do sistema EFI (ESP), que é uma partição usada pelo firmware para armazenar a inicialização carregadores e drivers. Um ESP não é estritamente necessário em Macs, mas a Apple o utiliza para ajudar com atualizações de firmware, então é melhor se você tiver um. Note, no entanto, que estou apenas familiarizado com o Inspetor de Partição; Não tenho 100% de certeza de que ele mostra ESPs. Se estiver faltando, você poderá criá-lo com uma ferramenta como o comando "gpt" padrão do OS X ou meu fdisk GPT (gdisk) . Você também precisará criar um novo sistema de arquivos FAT com o (IIRC) newfs_msdos. Desculpe, estou um pouco confuso nos detalhes; Meu Mac é inicializado no Linux no momento, por isso não posso verificar as opções.
Quanto aos diretórios que você identificou (bin, sbin e assim por diante), esses são diretórios Unix padrão. Eles estão presentes nos sistemas Linux e OS X. Você deve não excluí-los. Em uma configuração de boot duplo normal do Linux / OS X, o Linux não grava nada na partição do OS X, então é muito improvável que existam quaisquer vestígios de Linux na partição do OS X. (O mais parecido com uma exceção é o rEFIt, que é um gerenciador de boot e, portanto, não faz parte de nenhum dos sistemas operacionais; no entanto, o rEFIt geralmente é instalado na partição do OS X.)