Você terá que deixá-lo concluído pelo menos uma vez. O fsck é uma verificação de saúde legítima e é a "Coisa certa" a ser feita.
Dito isto, se você está permitindo concluir, e ele ainda está sendo executado toda vez que você reinicializar, verifique os resultados SMART no aplicativo Disk Utility (disco pode estar indo mal) ou ajuste a freqüência de verificações de disco com um comando como :
sudo tune2fs -c 50 /dev/sda1
não se esqueça de alterar o dispositivo para o nome do seu dispositivo, e sinta-se à vontade para ajustar a contagem também.