Esse é o comportamento normal se o Libreoffice for desligado antes que um documento seja salvo. Nada mais deve afetá-lo. O que você fez na última ocasião em que abriu e fechou o Libreoffice é o que você precisa nos dizer.
Estou observando alguns bugs no Ubuntu LibreOffice 12.04LTS aqui, ele está sempre abrindo com um pedido para recuperar documentos no arquivo .odf - Isso tem a ver com o fato de que o java openjdk está instalado.
Esse é o comportamento normal se o Libreoffice for desligado antes que um documento seja salvo. Nada mais deve afetá-lo. O que você fez na última ocasião em que abriu e fechou o Libreoffice é o que você precisa nos dizer.