Se eu entendi corretamente, não vejo por que não. Cada "disco de destino" tem uma entrada no menu GRUB? Nesse caso, há várias estratégias que você poderia usar. Se você estiver satisfeito em ter uma opção de inicialização padrão, basta editar o arquivo /boot/grub/grub.cfg para alterar a linha set default="0" (ou o número que estiver definido) para o que deseja e, em seguida, reinicialize (" sudo init 6 ", se bem me lembro).
Este arquivo diz "NÃO EDITAR ESTE ARQUIVO" na parte superior, mas isso ocorre apenas porque ele é regenerado e será redefinido para o padrão quando isso acontecer, seja durante uma atualização ou quando você fizer um comando update grub explicitamente .
Isso pode ser facilmente roteirizado se você não quiser editar o arquivo. A maneira mais fácil é usar sed, que pode encontrar e substituir essa linha no arquivo de configuração do grub.