Você pode obter a bandeja do Skype em 11.10 e 12.04 instalando o pacote sni-qt:i386
sudo apt-get install sni-qt:i386
OR
Você também pode colocar na lista de permissões o systray
Como posso acessar e ativar mais ícones na bandeja do sistema?
OR
Se você gosta de como a empatia e a bandeja de mensagens funcionam, você pode instalar um pacote skype-wrapper de terceiros do ppa, que habilita o Skype a exibir a mensagem do indicador
Vocêpodeinstalá-locom
sudoadd-apt-repositoryppa:skype-wrapper/ppasudoapt-getupdate&&sudoapt-getinstallskype-wrapper