Para executar aplicativos php, você não precisa de um servidor Tomcat (consulte esta pergunta no Stackoverflow ). O httpd do Apache é suficiente (e, é claro, um ambiente php) - veja a documentação e recomendações do Netbeans ; existe até uma documentação relacionada ao Ubuntu .
Você pode configurar o Tomcat para executar um aplicativo PHP (AFAIK até mesmo o Glassfish pode ser configurado para hospedar aplicativos PHP), mas Eu não recomendaria se você não tem muita experiência com tomcat ou glassfish.