você pode criar um script de wrapper dd que use o sudo, que só terá o seu arquivo de bootloader. Dessa forma, você provavelmente não cometerá erros se continuar usando seu script.
Não tenho certeza se vale a pena fazer isso usando permissões reais.
script de amostra:
#!/bin/sh
sudo dd bs=4K count=1 if=$1 of=/dev/sdb