O aviso de erro significa que você disse ao cp para copiar arquivos e não diretórios. O aviso é sobre o cp encontrar um diretório e informar que ele será ignorado.
Se você quiser diretórios: cp -r
significa recursivo e esta opção fará com que o cp também inclua subdiretórios.
Então, seu comando precisa ser:
cp -r /media/Macintosh\ HD/Users/orlandocampoverde/Desktop\ ...
Em relação ao comentário:
-u, --update
copy only when the SOURCE file is newer than the destination
file or when the destination file is missing