É provavelmente a ordem de inicialização dos dispositivos no seu BIOS. Verifique para colocar seu segundo disco rígido como o primeiro verificado na inicialização.
Você deve tentar reparar o grub: link
Para quem não fala francês: link
Eu tenho um computador ASUS e estou tentando instalar o Ubuntu. Eu tenho 2 disco rígido, então eu instalei o Ubuntu no segundo (onde não há windows 7 ..), formate a partição do 100go no ext4, e escolha no setor de inicialização a partição do primeiro HDD onde foi escrito "windows loader "mas tive um erro então escolhi a raiz do 1stHDD mas ainda não tem escolha na inicialização do computador, o windows boot e nenhum grub ... Como posso consertar isso?