Não deve demorar tanto tempo. Não descarte que há algo errado com a unidade. É até possível, embora ultimamente raro, que o firmware do disco rígido antigo cause problemas gerais de desempenho. Verifique com o fabricante. No entanto, meu primeiro instinto seria suspeitar que algo está acontecendo com o disco.
Além disso, você não indicou, mas eu tenho alguma experiência com isso. Principalmente em RAID de hardware real, há uma configuração enviada para a unidade. A unidade sabe que é um membro de uma matriz de ataque. A única maneira que eu sei atualmente para redefini-lo é colocar a unidade de volta em um controlador RAID e deixar limpar a configuração. E sem dúvida, provavelmente existem muitas outras maneiras de conseguir isso.
Voltando ao meu instinto, eu pegaria um disco live Ubuntu 11.04 ou 10.10. Um que você conhece é bom. Inicialize a caixa ao vivo, vá para um terminal e execute uma ferramenta chamada:
palimpset
Isso mostrará os dados SMART atualmente na unidade. Se houver grandes quantidades de erros no setor, será bem rápido avisá-lo. É muito legal porque você pode obter o tempo total que a unidade rodou, a temperatura atual, etc. Espero que isso ajude.