É realmente fora do tópico para este site, mas ok. O instalador do Windows tem a capacidade de excluir sistemas de arquivos. Não me lembro exatamente como, no entanto. Eu acho que você vê algo como "Desconhecido" com um certo tamanho. Isso é provável sistema de arquivos Ubuntus. Exclua, crie um novo e instale.