Tem certeza de que está quebrado? Nem meus botões de ejeção de DVD ou Bluray funcionam se alguma coisa tiver seu conteúdo aberto (leia-se: Nautilus visualizando arquivos, Totem tocando alguma coisa dele).
Acho que clicar no ícone de ejeção no Nautilus geralmente funciona se o botão não funcionar.
Se você achar que apenas usar o comando ejetar funciona, talvez você possa apenas escreve um pequeno lançador que executa gksu eject /dev/sr...
então ejetar é apenas um clique duplo de distância. Ou se você estiver usando o Unity, crie um iniciador para ejetar (se já não houver um - não sou um usuário do Unity, por isso não tenho certeza).