Copie seus aplicativos instalados com
Na sua instalação persistente.
sudo dpkg --get-selections > packages.list
Transfira packages.list
para sua nova instalação e execute
sudo dpkg --get-selections < packages.list
sudo apt-get update
sudo apt-get dselect-upgrade
As configurações variam. As configurações do usuário estão no seu diretório pessoal, então faça o backup de volta para casa. As configurações do sistema seriam qualquer arquivo de sistema que você editou manualmente.
Claro que existem outras soluções de backup
Aqui está um link para opções adicionais
Você receberá várias opiniões sobre qual opção usar.
Pessoalmente, uso o rsync, mas não tenho certeza se você está interessado em ferramentas de linha de comando
O grsync é coberto nesse link e é um front end gráfico.
Você poderia simplesmente rsync do seu sistema persistente para o seu disco rígido.
No que diz respeito ao seu disco rígido, algumas vezes os jumpers são difíceis. Sua melhor aposta é procurar no Google no disco rígido e ver se você pode confirmar as configurações do jumper.
Se tudo mais falhar, tente selecionar o cabo.