Você pode ativá-los usando Unsettings :
Ou você pode usar a linha de comando:
gsettings set org.gnome.nautilus.desktop home-icon-visible true
gsettings set org.gnome.nautilus.desktop computer-icon-visible true
gsettings set org.gnome.nautilus.desktop trash-icon-visible true
gsettings set org.gnome.nautilus.desktop network-icon-visible true