Como eu sei, nowdays bootloader padrão do Ubuntu em GRUB2 , não syslinux . Então, você deveria:
- Divida seu pendrive em duas (ou mais) partições.
- Instale o Ubuntu na partição vazia - ele deve reconhecer Kali.
Para ter certeza de não arruinar seu pendrive, o ypu pode tentar todas as manipulações em uma máquina virtual, por exemplo, o VirtualBox.