A resposta de Alan não funciona no Unity 2D porque não usa o Compize.
Se eu entendi bem, essa pode ser a solução para sua pergunta: No gconf-editor, habilite "use_strut" nas configurações do Unity 2D (desktop - > unity-2d - > launcher). Além disso, Mariano Chavero fez "Um simples GUI para Configurações de Unity-2D":