Aqui estão alguns artigos que podem ajudá-lo:
O Ubuntu está instalado em uma unidade flash de 32 gigabytes e inicializou com êxito todas as vezes até que eu particionei meu disco rígido e instalei o Windows como uma inicialização secundária (por motivos de programação). Agora, toda vez que eu tento inicializar o flash drive do Ubuntu, ele inicializa no Windows XP. O mesmo vale para partições, participoi meu disco rígido e instalei o Ubuntu e ele só inicializou o Windows XP.
Estou em um MacBook 6,1 com Mac OS X 10.6.8, 2 partições e estou usando o ReFit como meu carregador de boot.
EDIT: Eu tinha Ubuntu trabalhando bem a partir FLASH DRIVE e em um ponto como uma partição. Mais tarde, eu desinstalei o Ubuntu do meu disco rígido e instalei o Windows. Eu então tive que re-imagem do meu computador por certas razões e eu instalei o Windows. Agora, quando eu tento inicializar qualquer coisa diferente do Windows ou OS X, ele inicializa no Windows.
O Ubuntu nunca esteve no meu disco rígido enquanto o Ubuntu estava nele. O flash drive tem sido sua própria coisa e tem o carregador de inicialização instalado e carrega a partir do ReFit, mas inicializa no Windows.
Parece-me que você substituiu o carregador de inicialização GRUB pelo do Windows.