Ok, respondendo minha própria pergunta aqui. Soa muito estúpido, mas eu não poderia tentar isso antes por causa da carga no meu servidor.
sudo service atd restart
parece não recarregar o arquivo atd.conf
. No entanto, reiniciar a máquina faz.
Eu não sei se isso é um comportamento esperado. Se for e você sabe porque eu ficaria mais do que feliz em ouvi-lo sobre isso.