O que você está querendo fazer é cancelar a assinatura da máquina local da pasta web, em vez de excluir a pasta web que é o que o Nautilus exporta. Se você está no Natty, você pode acessar esta funcionalidade através do Painel de Controle do Ubuntu One:
Se você ainda não está no Natty, pode obter o ID da pasta em u1sdtool --list-folders
e, em seguida, usar u1sdtool --unsubscribe-folder=folder-id
.