Sua melhor aposta seria usar o xrandr para personalizar a configuração do seu multimonitor. Primeiro basta digitar isso na linha de comando
xrandr
Veja como a tela do seu laptop e a tela externa são nomeadas. Minha tela de laptop foi nomeada LVDS e externa foi nomeada CRT1. Pode ser diferente para você.
Primeiro, você pode alterar a resolução de cada monitor com:
xrandr --output CRT1 --mode 1920x1080
Então você pode definir a exibição principal (aquela que terá o painel do gnome) com:
xrandr --output CRT1 --primary
Se o xrandr reclamar que o desktop não é grande o suficiente, coloque uma informação virtual no seu arquivo xorg.xconf, como:
Section "Screen"
Identifier "amdcccle-Screen[1]-0"
Device "amdcccle-Device[1]-0"
DefaultDepth 24
SubSection "Display"
Viewport 0 0
Virtual 3360 1920
Depth 24
EndSubSection
EndSection
Somente a subseção "Display" com a linha Virtual deve ser adicionada, o resto é específico para minha configuração. Reinicie o seu computador para o novo xorg.conf entrar em vigor. Em seguida, execute os comandos xrandr novamente. Boa sorte!