Organizar discos e partições é sempre um pouco difícil de aconselhar, já que se você perguntar a 2 pessoas diferentes, provavelmente obterá 2 respostas diferentes, mas no seu caso você pode pensar em 3 cenários básicos:
Configuração da velocidade:
Não lhe faremos café e ovos de manhã, mas colocar os 2 discos em uma configuração RAID0 lhe dará um aumento de velocidade significativo, parece muito atraente e você pode simplesmente particionar os discos como quiser, como você disse em sua pergunta; / p>
Configuração segura:
Ter em um dos discos os dois sistemas operacionais instalados e usar o segundo disco como um compartilhamento entre o Ubuntu e o Windows para manter seus arquivos pessoais e backups. Discos que têm menos acesso tendem a quebrar menos (isso não é uma regra universal, mas tende a ser verdade);
Configuração segura EXTRA:
Crie uma configuração RAID1 onde todos os seus dados serão armazenados igualmente nos dois discos; se um deles falhar, o outro conterá todos os seus projetos e arquivos pessoais;
Configuração fácil de divisão:
Use um disco para instalar o Windows e o outro para instalar o Ubuntu. Mantém seus sistemas separados, dá-lhe alguma segurança sobre a estabilidade dos seus sistemas (se você quebrar o Ubuntu ou Windows não interferirá com o outro e pode ser facilmente consertado reparando o MBR) e quando você se cansar de usar o Windows e você finalmente decida usar apenas o Ubuntu você pode apenas apagá-lo e usar o segundo disco para seus backups e arquivos;)
Basta escolher uma e ir com ela, se você tiver dúvidas depois (você provavelmente irá!), basta escolher outra e testá-la. Pessoalmente, eu sempre busco segurança, mas eu não gosto de espaço desperdiçado, então eu escolheria a configuração segura: manter meus dados em um segundo disco, permite que eu compartilhe a data entre os sistemas com muita facilidade.