Você precisa adicionar os jars ao classpath ao compilar e ao executar o arquivo jar final com o aplicativo.
Ao compilar:
javac -cp /usr/share/java/j3dcore.jar:/usr/share/java/j3dutils.jar:/usr/share/java/vecmath.jar MainClass.jar
Para especificar o classpath ao executar o jar, coloque o classpath no arquivo de manifesto. Adicione a seguinte linha:
Class-Path: /usr/share/java/j3dcore.jar /usr/share/java/j3dutils.jar /usr/share/java/vecmath.jar