Você só pode atualizar uma instalação do Wubi enquanto é inicializado nessa instalação, usando o gerenciador de atualização ou a imagem do CD da área de trabalho alternativa (cdromupgrade).
Você não pode fazer isso do Windows ou inicializando um CD / USB do Ubuntu.
Você só pode atualizar para 11.04 a partir de 10.10 - então você precisa primeiro atualizar de 10.04 para 10.10, mas observe que há alguns problemas com a atualização wubi para 10.10 (bug 653134 e bug 610898 ). Estes foram corrigidos para 11.04, mas até que a correção seja backportada para 10.10, você provavelmente sofrerá problemas de inicialização. Você pode encontrar uma solução para esses problemas aqui: Wubi megathread
Com qualquer atualização, eu recomendo fazer o backup de antemão. Com o Wubi você pode simplesmente copiar os discos virtuais (geralmente apenas o root.disk) no Windows de antemão. É uma boa ideia copiar C: \ wubildr também.