Sim, este comando irá remover completamente o kubuntu-desktop. Mesmo se disser que 41 kb de dados serão removidos, muitos deles serão realmente removidos. Mas há um problema: o KDE será removido, mas outros programas instalados nele não serão.
Eu sugiro que você procure por todos os programas que vêm com o kubuntu-desktop e os remova um por um. Essa é a maneira mais segura (os programas do KDE geralmente têm um 'K' no início de seus nomes).
Uma dica profissional: sempre que você quiser testar um ambiente de desktop, não o instale como recomendado na maioria dos guias. Google para versão básica / mínima. As versões principais ou mínimas vêm apenas com a área de trabalho, sem software extra, simplificando a remoção depois. Essas versões também ocupam muito menos espaço em disco. Por exemplo, você pode instalar o 'xubuntu-core', para o XFCE, 'lubuntu-core', para o LXDE, 'ubuntu-desktop --no-install-recommends' para o Unity, etc., etc.