Resposta curta : você não pode, esses botões fazem parte da interface do usuário.
Resposta longa : há algumas opções. Shotwell é open source / software livre, então é claro que você pode baixar a fonte e modificá-la para atender às suas necessidades. Você também pode registrar um tíquete Shotwell para uma preferência para desabilitar essa barra de ferramentas. Provavelmente não é um recurso que provavelmente adicionaremos a menos que exista mais demanda por ele.
Você pode registrar um ingresso aqui: link