isto parece que o seu $ PATH não está apontando para esses executáveis.
tente executar o seguinte como root e depois como usuário
echo $PATH
which python
echo $PYTHONPATH
isto lhe dirá qual instalação python você está usando e onde está procurando por arquivos python instalados.
Parece que suas contas de usuário não estão apontando para a mesma configuração de python. É melhor usar o python para usar somente o root para atualizar os pacotes do sistema, já que a maioria das distribuições requer versões específicas do Python para algumas de suas ferramentas internas.
Dê uma olhada nas instalações do Virtualenv para suas contas de usuário, desta forma você pode ter uma configuração personalizada para cada usuário que não conflitará, também é mais fácil migrar esse usuário para outras máquinas, já que a configuração do python estará inteiramente em seu homedir .