O ícone pode desaparecer se você reiniciar.
Depois de instalar o Ubuntu One e iniciar uma sincronização, notei que quando eu tiver a caixa de diálogo do Ubuntu One visível, eu terei 2 ícones para o Ubuntu One no Unity Launcher. Um parece ser o aplicativo que está fazendo o upload. O outro indica "esperando para instalar" quando eu passar o cursor sobre ele.
Por que eu tenho outro ícone do Ubuntu One que está aguardando a instalação quando eu já o instalei?