Correu para o mesmo problema. Aqui está como eu consertei:
Por alguma razão, o script de instalação padrão pareceu falhar ao adicionar vários módulos. Eu adicionei iterativamente os módulos como erros referenciados à sua ausência executando npm install nameofmodule
(no seu caso 'connect') e então tentando iniciar c9 novamente.
Eventualmente, isso resultou na inicialização do IDE c9, mas mais referências a módulos ausentes foram gerados. Eu repeti o código acima, Ctrl + C matando o ide, instalando o módulo e relançando até chegar ao que parece ser um estado totalmente funcional.
Navegar na Web para o IDE e realizar ações na saída para o console em que você iniciou o IDE, por isso, fique atento a mais módulos ausentes quando estiver em funcionamento.