"Comando não encontrado" é a resposta comum para um comando que você não está autorizado a usar. Neste caso, o apt-get é um comando do sistema e requer privilégios de root; você deve digitar sudo apt-get e o que estiver tentando instalar, remover, etc. Será solicitada sua senha de usuário e, supondo que esteja na lista de sudoers, o comando será executado com privilégio de root.