Seus resultados da execução do comando lspci -nn | grep VGA
são:
00:02.0 VGA compatible controller [0300]: Intel Corporation Atom Processor D4xx/D5xx/N4xx/N5xx Integrated Graphics Controller [8086:a011] (rev 02)
Seu sistema operacional não detectou uma placa NVIDIA instalada, como você disse na sua pergunta, e portanto você deve desmarcar o driver NVIDIA (331.113) da lista de verificação de atualização, porque você não precisa dele. Se você já instalou o nvidia-331, também pode desinstalá-lo com segurança.
Se você instalou o libcudart5.5 ou o nvidia-cuda-toolkit, também pode desinstalá-los com segurança.