Se você tiver um roteador decente, a conexão PPPoE será (ou deverá ser) manipulada no roteador e armazenada nela, sem ser afetada pelas reinicializações de desligamento. A conexão ao seu computador se torna uma VPN para o roteador (LAN). Pouquíssimos roteadores (apenas os muito antigos) precisam que o PPPoE seja redefinido para cada computador ou sistema operacional. Se o fizerem, você terá muito pouca proteção de firewall entre você e a Web, nesse caso eu recomendaria uma nova, SMC, Netgear etc. Você pode inicializar no Windows e verificar as configurações de conexão lá, anote-as, incluindo todas as senhas, então inicialize novamente no Ubuntu e certifique-se de que a conexão é a mesma. O Ubuntu quase sempre encontra as configurações corretas para uma LAN por conta própria, ao contrário de outras!