você pode gravar o windows.iso no liunx. e reinicie e reinstale o Windows dessa maneira.
para você inicializar no Ubuntu, e iniciar o brasero, grave o windows.iso e reinicie.
outra solução pode ser reinstalar usando uma partição OEM que contém todo o arquivo para reinstalar o Windows. Eu não sei como. Pode ser usar o boot do windows cd e procurar por uma opção de recuperação ou reinstalação?