Parece que sua lista de fontes de software foi desestabilizada de alguma forma, fazendo com que o atualizador abandonasse a pesquisa. Depois de tentar, faça um
tail -n 200 /var/log/syslog | less
para ver se algum erro específico foi relatado. Então, ...
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Quando o Gerenciador de Atualizações estiver em execução, clique no botão Configurações no canto inferior esquerdo da janela para ver suas fontes e verifique todas as guias. OU ...
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Quando você tem o Centro de Software em execução, vá para o Menu Editar e clique em Fontes de Software para ver a mesma coisa.
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Se você não vê nada óbvio, é hora de tirar as grandes armas. Faça um less /etc/apt/sources.list
e examine cuidadosamente tudo. Em seguida, menos cada arquivo em /etc/apt/sources.list.d/
e procure por anomalias.
Espero que isso ajude.