Algo parecido aconteceu comigo há algum tempo, enquanto eu estava brincando com as configurações do compiz e resolvi o seguinte:
Execute os seguintes comandos no terminal, compiz --replace & e depois de unity --reset e saia e volte a entrar.
Espero que ajude, da próxima vez que tentar fornecer mais informações sobre sua configuração, versão, shell e algum hardware relacionado.