Esta resposta é bastante tardia, mas pode ajudar outra pessoa.
Eu suspeito que o problema é devido a você ter o RAID habilitado no momento da instalação. Com a maioria dos controladores RAID falsos (quase certamente o tipo que você tem em sua placa), as rotinas do BIOS RAID criarão um formato especial em disco. Se o disco estiver conectado com o RAID desligado, o sistema normal não poderá ler nada que esteja no disco.
Verifique se com o RAID OFF um dos discos será inicializado. Se não, a maneira de proceder é garantir que o RAID esteja desligado em seu BIOS, então limpe cada disco e reinstale o sistema operacional que você deseja. cada uma das duas unidades (se um disco for inicializado, ele não precisará ser reinstalado).
Verifique se cada disco inicializará como o único disco (e geralmente o primeiro) no sistema.
Em seguida, verifique se você está inicializando a partir do primeiro disco com o Ubuntu instalado. Você pode então adicionar o disco do Win como a segunda unidade e adicionar sua sub-rotina ao Ubuntu grub, manualmente ou usando o boot-repair.
A única vez que você precisa ter o RAID ativado é com vários discos rígidos do mesmo tamanho para distribuição ou para redundância de dados. NUNCA ligue-o com dois discos de diferentes tamanhos ou tipos (a menos que você saiba exatamente por que está fazendo isso, é claro!). E como último ponto, se você precisar de RAID, a maioria das pessoas descobrirá que o RAID de software Linux é melhor que todos os RAID falsos (e geralmente hardware RAID que custa menos de US $ 350 e não tem memória dedicada) ...