Tente copiar todos os seus arquivos na unidade em outro lugar. Então:
-
Instale
gparted:sudo apt-get install gparted -
Execute o gparted e selecione a unidade (
/dev/sdb ?) -
Clique no menu
Devicede e selecioneCreate partition - Clique com o botão direito do mouse no
Unallocated spacee clique emCreate partition. - Crie uma nova partição
msdose clique no botão apply .
Se o problema estiver na própria unidade, isso pode ajudar. Se o problema está na forma como o Ubuntu está lidando com pen drives, então precisamos de logs como @gertvdijk apontado.