Para formatar seu disco, abra um terminal e execute este
sudo apt-get install gparted
Uma vez instalado, execute-o a partir do painel. Agora encontre o drive que você deseja formatar no canto superior direito. Em seguida, clique com o botão direito do mouse e desmonte-o, clique com o botão direito e formate-o, use NTFS se precisar de compatibilidade com o Windows ou ext-4 se não, como um sistema de arquivos e clique no botão Aplicar (marca verde).
ISTO APAGARÁ TODOS OS DADOS DO SEU DRIVE