Você precisa instalar o carregador de inicialização "grub" no seu disco rígido, não no pen drive USB.
Após este passo, você será capaz de escolher qual sistema operacional inicializar, você não precisará mais do pen usb para usar o Ubuntu.
Etapa 1: Identifique a entrada do seu dispositivo de disco rígido - > um de / dev / sda, / dev / sdb, etc. Normalmente, é / dev / sda. Se você não tiver certeza, verifique na linha de comando (Terminal):
sudo fdisk -l
Na saída, a primeira linha é importante, pois você reconhecerá o tamanho do seu disco rígido. Se você tiver o stick usb também, você terá / dev / sda com qualquer partição como / dev / sda1, / dev / sda2, etc AND / dev / sdb - > seu stick usb:
Disk /dev/sda: 160.0 GB, 160041885696 bytes
255 heads, 63 sectors/track, 19457 cylinders, total 312581808 sectors
Units = sectors of 1 * 512 = 512 bytes
Sector size (logical/physical): 512 bytes / 512 bytes
I/O size (minimum/optimal): 512 bytes / 512 bytes
Disk identifier: 0x000e26f3
Device Boot Start End Blocks Id System
/dev/sda1 2048 40962047 20480000 83 Linux
/dev/sda2 40962048 275718143 117378048 5 Linux swap / Solaris
Disk /dev/sdb: 500.1 GB, 500107861504 bytes
255 heads, 63 sectors/track, 60801 cylinders, total 976773167 sectors
......and other stuff ..........
Etapa 2: Instalar o grub
sudo grub-install /dev/sda