Sim, basta copiar o seu diretório pessoal. Estes são os passos que eu seguiria:
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Crie um arquivo adequado no sistema antigo.
cd /home sudo tar -zcf username-archive.tar.gz username
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Certifique-se de usar o mesmo nome de usuário no novo sistema.
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Copie o arquivo para o novo sistema fora do diretório inicial para o qual ele será descompactado.
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(Re) inicializa o novo sistema, mas não faça login ainda. Isso fará com que nada seja executado sob sua conta de usuário, dependendo do conteúdo do seu homedir.
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Pressione Ctrl + Alt + F1 para ir para um terminal virtual.
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Faça login e torne-se root totalmente, por exemplo,
sudo su -
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Faça o backup do homedir quase vazio, por exemplo
mv /home/username /home/username-old
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Descompacte-o, por exemplo
cd /home tar -zxf username-archive.tar.gz