Sim, existe esse diretório. Isso é /var/cache/apt/archives/
Observe que há uma diferença sutil entre apt e apt-get no fato de que apt não armazena em cache os pacotes por padrão em 16.04. Isso pode ser alterado, definindo o arquivo Binary::apt::APT::Keep-Downloaded-Packages para true in /etc/apt/apt.conf.d/01keep-debs . Como usuário root, faça:
echo 'Binary::apt::APT::Keep-Downloaded-Packages "true";' > /etc/apt/apt.conf.d/01keep-debs