A biblioteca protobuf e o protoc são completamente diferentes.
protoc (chamado " proto buf- c ompiler" por apt-get) é um executável que pega arquivos .proto e gera código no idioma escolhido.
Enquanto isso, uma biblioteca de protobufs, como a maioria das bibliotecas, contém código para você referenciar em seu próprio código - ou, neste caso, código que é referenciado pelo código gerado que o protoc gera.
A biblioteca protobuf para python (chamada "python-protobuf" pelo apt-get) pode ser facilmente atualizada para v3 + usando este comando:
sudo pip install --upgrade protobuf
Eu não conheço melhor maneira de verificar a versão da sua biblioteca protobuf para python do que isso:
python -c "import google.protobuf; print google.protobuf.__version__"
O protoc, por outro lado, é significativamente mais difícil de atualizar para o v3 +. Felizmente, você basicamente só precisa atualizá-lo se você quiser usar a sintaxe v3 em suas definições .proto.
Se você decidir, só deverá atualizar o protoc fazendo o download do código-fonte ou dos binários do link , conforme descrito no README.