Estou usando o servidor Ubuntu 16.04 (sem cabeça) e preciso migrar todos os aplicativos e dados para o Lubuntu (é uma exigência do cliente). Eu tenho um monte de aplicativos do Ubuntu instalados e gerenciados (bancos de dados (PostgreSQL), ferramentas de desenvolvimento (1C) e muitas coisas de primeira parte configuradas (apache, samba) para esta versão do Ubuntu.
Todos eles funcionarão bem no Lubuntu e no Ubuntu após a migração?
Sim, eles funcionarão bem, com o Lubuntu o único diferente é o ambiente desktop que é o LXDE, você ainda tem acesso a todos os principais repositórios e softwares, assim você não sentirá nenhuma mudança.
Os sabores do Ubuntu estão usando uma mesma base enquanto são otimizados para agir da melhor forma possível com o ambiente de área de trabalho desejado.
De lubuntu.net:
O núcleo do sistema é baseado no Linux e no Ubuntu.
Ubuntu Servidor é uma distro sem qualquer GUI (ou "headless"). Tanto o Ubuntu Desktop quanto o Lubuntu estão igualmente distantes do Ubuntu Server, apesar do nome sugerir que o Ubuntu Desktop é mais similar ao Ubuntu Server.
Na verdade, existem várias GUIs que você pode usar:
Então, mudando do Ubuntu Server para o Lubuntu (isto é, adicionando o LXDE ao seu sistema sem GUI), você terá uma GUI e não perderá nada.