Parece que, de alguma forma, um registro permanece daquele arquivo, que conta como um arquivo de configuração (aparentemente), então um simples removedor do apt-get não elimina esse registro; assim, ao reinstalar, o apt-get tenta ser legal e não sobrescrever um arquivo de configuração (que não existe).
Para recriá-lo, primeiro desinstale usando a eliminação para remover até mesmo os arquivos e registros de configuração:
apt-get purge nginx nginx-common nginx-full
depois, reinstale:
apt-get install nginx