Um CD ao vivo pode fazer as duas coisas, você pode executá-lo na memória ou clicar no ícone na GUI para instalá-lo em um disco rígido.
Durante a instalação do Ubuntu, você poderá configurar o particionamento de acordo com a sua preferência. Supondo que você não vai manter FreeDos e não pretende instalar o Windows mais tarde, você pode deixar o Ubuntu manipular o particionamento e usar o disco inteiro.