Ideologicamente
O Mono supõe que alguns estejam apoiando a Microsoft e sua plataforma .Net. Algumas pessoas acreditam que isso é contra os objetivos do Ubuntu, ou pelo menos seus próprios objetivos pessoais, e eles querem evitar isso.
Desculpe pelas palavras de manobra, mas eu estou ficando objetiva. A discussão sobre se a Mono realmente faz isso, e até mesmo se apoiar a Microsoft é uma coisa boa ou ruim, pertence a outro lugar .
praticamente
Programas que usam uma máquina virtual (como os escritos em Java e C #) tendem a usar mais memória, na minha experiência, em comparação com equivalentes que não usam. Essa generalização nem sempre é válida. Embora existam usuários para os quais essa é uma preocupação válida, as pessoas geralmente se preocupam com o desempenho mais do que o necessário.
Por exemplo, eu estou usando um laptop com apenas 1GB de memória: isso costumava ser enorme. A máquina está começando a mostrar sua idade, mas ainda posso executar a maioria das coisas confortavelmente. Usuários com 4 GB de memória não vão notar "porcos de memória" tanto quanto devem se concentrar em outras preocupações. (E eu voltarei aqui em 5 anos e rirei daquele número de 4GB.)