Absolutamente e você tem várias opções para isso.
Pessoalmente eu uso o Proxmox, ele é baseado no Debian, mas tem uma ótima interface web.
Depende um pouco de qual virtualização você escolher, pessoalmente eu uso o KVM. Você pode gerenciar suas máquinas KVM a partir do Windows
Veja link
Por exemplo, veja link
Uma lista completa de opções está aqui - link
O Docker é muito popular e também possui interfaces da web
Existem outras opções do VirtualBox para o Xen para o VMware.
Então, de certa forma, sua pergunta é muito ampla e eu sugiro que você faça uma pergunta mais específica se tiver algum problema depois de fazer alguma pesquisa sobre suas opções.
- Qual tecnologia de virtualização? KVM? Docker? Outro?
- Qual interface? ssh? rede ? VNC? Especiaria ? Linha de comando?